Zu den üblichen Impfreaktionen gehören Schmerzen und Rötung der Einstichstelle, Abgeschlagenheit, Unwohlsein, Kopf- und Gliederschmerzen, Fieber, Übelkeit und andere Magen-Darm-Beschwerden. Diese treten 1-3 Tagen nach der Impfung auf, sind Zeichen der Reaktion des Immunsystems auf dem Impfstoff und nicht anmeldepflichtig. Das Gleiche gilt bei Lebendimpfstoffen, wobei mit einem Zeitraum von 1-3 Wochen zu rechnen ist. Reaktionen, die diese Zeiträume überschreiten, sollen als mögliche Impfkomplikationen behandelt werden und durch die Ärztin oder den Arzt angemeldet werden. Impfstoff-spezifische Nebenwirkungen werden durch das Paul-Ehrlich-Institut beschrieben (PEI).
Schwere Nebenwirkungen nach Impfungen wie zum Beispiel Hirnvenenthrombosen oder Herzmuskelentzündungen („Myokarditis“), die nach SARS-CoV-2 Impfstoffen auftreten können, sind selten. Meist ist das Risiko an dieser seltenen Komplikation zu erkranken bei einer Infektion mit dem SARS-CoV-2-Virus deutlich größer als das Risiko nach einer Impfung. Hier wurden durch die groß angelegten Impfkampagnen während der Pandemie sehr viele neue Erkenntnisse gewonnen. Alle seltenen schweren Impfrisiken traten weniger häufig auf als diese Komplikationen nach einer SARS-CoV-2 Infektion.